John Frandsen har skrevet en del vokalmusik, solo- såvel som korværker. De vigtigste titler indenfor denne genre er Blake-cyklus'erne Songs of Innocence (1984) og Songs of Experience (1991) for sang og guitar, Seven Silly Songs (1987) for mezzo og guitar, Winternächte (1989) for mezzo og bratsch og Fons Amoris (1998) for kor a cappella.
En del værker er kirkelige, heriblandt Stabat Mater (1986) for tenor/sopran og orgel, Magnificat (1990) for dobbeltkor og Messe til det nye Årtusinde (1999) for soli, kor, orgel og orkester, som uropførtes i Århus Domkirke nytårsnat 1999/2000.
Fra de seneste år stammer to større latinske motetter med tekster fra Davids Salmer, Benedic Domino (2006) skrevet til hans eget kammerkor Convivium, De Profundis (2007) skrevet til Vokalgruppen Ars Nova, og The Divine Zoo (2010) til DR Pigekoret.
I november 2010 afsluttede han arbejdet på et “Requiem”, som er bestilt af DR Radiosymfoniorkesteret til planlagt uropførelse i sæson 2012/13.
Også i instrumentalværkerne spiller det sangbare, melodiske element en fremtrædende rolle. Det gælder i udpræget grad i de tidlige værker som String Song (1980) for strygekvartet, blæserkvintetten Avers/Revers (1985) og Nature morte (1986) for guitar solo. I senere værker er den melodiske gestik mere brudt og fragmentarisk - f.eks. i symfonien Dæmonernes Dans (1988), strygekvartet nr. 2 Danse macabre (1991) og cellokoncerten Salme til Isdronningen (1999).
Læs mere om cellokoncerten her
Ofte leges med associationer til kendte musikalske genrer og stilarter. Det giver til tider musikken et tvetydigt og underfundigt udtryk. Det gælder f.eks. Variations on a Falling Star (1996) for kammerensemble, der er udformet som en række variationer over en kendt Disney-melodi, og i Playtime (2007) for strygerorkester, der leger med blues-fragmenter. Også det abstrakte instrumentalteater har haft hans interesse, hvilket bl.a. kommer til udtryk i blæserkvintet nr. 2 De/cadences (1987) og i Askefuglen (1992) for kor og bånd.
Som operakomponist har John Frandsen gjort sig markant gældende. I maj 1995 uropførte Musikteateret "Undergrunden" hans opera Amalie baseret på Amalie Skrams forfatterskab. En del af musikken herfra indgår i Amalie suite for kammerorkester. I 1997 uropførtes hans monodrama Dronning Boudicca på Den Anden Opera, og i 1998 påbegyndte han arbejdet på en operatrilogi baseret på Svend Åge Madsens roman Tugt og Utugt i Mellemtiden, et projekt der blev realiseret i samarbejde med Århus Sommeropera. 1. del uropførtes i sommeren 1998, og 2. del to år senere i 2000. 3. del fik sin urpremiere i august 2004 i forbindelse med en samlet opførelse af hele trilogien.
I sommeren 2001 uropførtes kirkeoperaen Undermålerne til tekst af Ivar Gjørup, forfatter af tegneserien "Egoland". Og 15. marts 2003 havde Det Kgl. Teater urpremiere på hans første store symfoniske helaftensopera I-K-O-NTM med libretto af Sanne Bjerg og i Peter Langdals instruktion. Tugt og Utugt blev præmieret af Statens Kunstfond i december 2004 og Reumert-nomineret i marts 2005.
Læs mere om John Frandsen operaer her